主張特偵組該廢者認為，特偵組設在最高檢察署，不起訴案件無法再向上級機關再議，沒有救濟管道；而且檢察總長權力太大，卻無制衡機制；特偵組辦案與廉政署疊床架屋，兩者應合併。
法務部一位資深檢察官指出，特偵組偵辦的案件若不起訴處分，因特偵組設在最高檢察署，原告根本無法再議，沒有救濟管道，有違程序正義。
目前特偵組偵辦中的案件一律先分「特他字」案，起訴前再轉分偵字案，以備若證據不足，特他字案可以簽結，規避不起訴處分後無法再議的窘境，但問題仍然無解。
民間司改會執行長林峰正說，二○○七年修改法院組織法設立特偵組後開始，檢察總長受社會矚目的程度急速拉升。因為舊制的總長不過是最高檢察署的主管，雖地位崇隆，但卻「有將無兵」，現在總長有了「他的」特偵組，搖身一變，成為掌握「動搖國本級」案件偵辦實權的超級巨擘。
司改會認為，總統如果提名奉承阿諛的檢察總長，檢察總長挑選的特偵組檢察官也難免趨炎附勢，以致當總統等高官犯法時，特偵組不敢偵辦，但面對與總統不同政黨或派系的高官，不論證據是否充分，卻磨刀霍霍。當時立法者可能沒想到特偵組的設計，反而容易介入政爭，也可能製造冤屈，如此的特偵組豈能不廢？
律師高涌誠說，從他與特偵組交手的經驗，發現檢察官對藍營人士構成犯罪的證據要求門檻高，例如拉法葉艦案雷學明一審判無罪，檢察總長黃世銘主張不上訴；對綠營人士的起訴證據門檻低，例如李登輝因國安密帳案被起訴。
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