檢察系統預算能獨立嗎？法界人士與立委持不同看法，前法務部長施茂林認為「檢方預算的確有需要更獨立並增加更多預算，才不會受制於人」，但立委蔡錦隆強調「預算監督和司法起訴根本是兩碼事，怎可混為一談！無人監督」。
前法務部長施茂林認為，檢方預算的確有需要更獨立並增加更多預算，才不會受制於人，例如檢察官辦案時會遇到許多鑑定的費用，像是土地鑑價和一些裁定等等，以往都靠友情協助，但這些都並不適當，並可能影響偵辦的獨立。
至於是否將檢察機關改隸在司法院下，施茂林認為這方面的討論很多，目前尚無定論，且要牽涉體制更動，不如只要將司法院預算依比例給予檢方，就算是最簡便的方式。
他指出，依憲法增修條文第5條規定「司法院所提出之年度司法概算，行政院不得刪減」，以目前而言，檢察機關的預算編列受制於行政院，在行政院編列時就不及於司法院，預算捉襟見肘，但若有跟著司法院預算走的默契，雖同樣需經立法院通過，但不足情形應可改善。
國民黨立委蔡錦隆說：「預算監督和司法起訴根本是兩碼事，怎可混為一談！」他指法務部或司法機關若想此規避預算審查，作法太離譜，「那司法機關以後豈不成了大怪獸，無人監督！」
綠營的立委何欣純說「法務部預算若要獨立牽涉廣大，相關法令全要修，牽一髮動全身！」她表示，法務部是行政院體系一環，在憲法規範，預算原本就要送立法院，若要排除，恐相關法令都要修改。
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